Fra 1. juni er det lik frist for alle bestillinger i forkant av sædrutene. Fristen er søndagen kl. 24.00, én uke før sædruta starter opp fra depotene. Les mer

BullIT – Automatisert beregning og stordata

Lesetid: ca 3 min

Helt siden 1970- tallet har det vært registrert og benyttet komplekse data i avlsarbeidet for NRF (Norsk Rødt Fe). Geno har rigget et nytt automatisert beregningssystem for å kunne oppdatere avlsverdiene på NRF kontinuerlig.

Bilde av logoen HD Genomics med DNA-tråd i bakgrunnen.

Dette har gjort at bøndene kan ta gode valg for sin egen besetning til enhver tid i tillegg til at den årlige genetiske framgangen for NRF har doblet seg.

Økt lønnsomhet og konkurranseevne

Verktøyene vi har utviklet, med bidrag fra Norsk Forskningsråd, har krevd nyutvikling på IT-siden. Dette gjør at vi nå systematisk kan oppdatere avlsverdiene på alle kyr i Norge jevnlig. Dette har gitt økt lønnsomhet og konkurranseevne for NRF-avlen. 

Det  gjør at bonden alltid har oppdatere avlsverdier på NRF-kyrne sine, og kombinert med Geno avlsplan-verktøyet kan drive et mer effektivt avlsarbeid i egen besetning. Verktøyet for beregning kalles BullIT.

Økt presisjon ved bruk av genotypedata

Avlsverdier beregnes for å beskrive det genetiske potensialet for dyra, og avlsverdiene brukes til å velge hvilke dyr som skal bli foreldre til neste generasjon. Ved å bruke genotypedata (DNA-informasjon) øker presisjonen på avlsverdiene. Da blir det en bedre sammenheng mellom avlsverdien og dyrets prestasjoner på fjøsgulvet i form av for eksempel melkeproduksjon og fruktbarhet.

All data beregnet i ett steg

Geno var svært tidlig ute med å benytte seg av såkalt ett-stegs genomisk seleksjon, der man benytter seg av all data. Dette er informasjon om  genotyper og slektskap, samt dataregistreringer fra bønder, meieri, rådgivere, inseminører, veterinærer og slakteri inn i en og samme avlsverdiberegning. Dette gir svært god presisjon på avlsverdiene, men å være først ute med denne teknologien ga Geno noen utfordringer.

Et problem var at genotypene ofte hadde en del «støy», både i form av at en del genetiske markører hadde manglende data og noen markører hadde en større feilrate. I tillegg ble historiske og nye dyr genotypa med ulik teknologi, og dette ga gradvis nivåforskjell på avlsverdier imellom grupper av dyr.

Vinteren 2017-18 ble mange nye genotyper tatt inn i beregninga av avlsverdiene for NRF, og dyras avlsverdi økte svært ofte når de ble genotypa.

– Vi fikk etter hvert systematiske feil i avlsverdiene, der unge genotypa dyr fikk svært høye avlsverdier. Etter mye prøving og feiling fant vi ut at grundig datavask av genotypene og innfylling av genotyper der det var manglende data kunne løse den systematiske feilen, sier Øyvind Nordbø, avlsforsker hos Geno SA.

Vitenskapelig dokumentert

Dette har nå blitt vitenskapelig dokumentert gjennom en artikkel i det internasjonale forskningstidsskriftet GSE. Veien fram dit vi er nå har gitt oss erfaringer og kunnskap som det er viktig å dokumentere, slik at andre avlsorganisasjoner og forskere slipper å gjøre den samme feilen. Geno genotyper om lag 30.000 dyr i året, og benytter dataen til å avle fram de friskeste, mest holdbare og effektive dyra for norsk melkeproduksjon.

Les hele artikkelen i forskningstidsskriftet GSE her

Her finner du en ordliste med begreper i avlsarbeidet

Her finner du informasjon om hva genotyping er