Fra 1. juni er det lik frist for alle bestillinger i forkant av sædrutene. Fristen er søndagen kl. 24.00, én uke før sædruta starter opp fra depotene. Les mer

Ny metode for økt avlsframgang for kollet-egenskapen

Lesetid: ca 3 min

I løpet av neste uke (uke 34) skal maskinlæring tas i bruk for å øke fremgangen på kollet-egenskapen. Dette fører til endret avlsverdi for en del dyr.

12163 Fossesholm-P-ET er et eksempel på en okse som er kollet (KH) men med store nyvler som ligner horn. Foto: Jan Arve Kristiansen

I beregningen av avlsverdier er det tallet på kollet-alleler (alle dyr har to alleler, eller genvarianter av hvert gen) som inngår som egenskap. For genotypede dyr kan dette bestemmes med svært høy sikkerhet. For dyr som ikke er genotypet har det derimot, fram til nå, vært hornanlegg registrert ved kalving som har blitt benyttet.

Utfordring med bruk av hornanlegg

En utfordring ved å benytte hornanlegg ved kalving som registrering er at det, selv med perfekte registreringer, er helt umulig å skille mellom KH (heterozygot kollet) og KK (homozygot kollet). Dette fordi et dyr som er heterozygot kollet bærer på et hornet-gen som ikke kommer til uttrykk, men kan videreføre dette til avkommet.

I tillegg blir også en del HH-kalver (homozygot horna) registrert som kollet eller ukjent, og nær 25 prosent av KH-kalvene blir registrert som horna. Noen er nok feilregistrering, men for en del kalver er det er vanskelig å vurdere hornanlegg, spesielt for dyr med nyvler. Nylver er ufullstendig utviklede horn som generelt er løse og ikke sitter fast i skallen. Frekvensen av nyvler er størst hos hanndyr.

Les mer om nyvler i Buskap 7-2019

Uansett årsak fører dette til lavere sikkerhet for ikke-genotypede dyr. I og med at kun om lag 15 prosent av NRF-kalvene blir genotypet, begrenser dette avlsframgangen for kollet i hele populasjonen.

Ulike kilder til informasjon

Det er flere andre relevante registreringer som kan benyttes for hornstatus. Eksempelvis kan avhorning antyde at dyret er HH, men dersom det er en oksekalv kan den også være KH og ha nyvler. Man kan også benytte genetisk hornstatus til far, mor og/eller morfar. For kyr med flere kalvinger kan også avkommets hornstatus gi noe informasjon om kua sin genotype.

Maskinlæring

De siste 10 årene har det vært en rivende utvikling innenfor maskinlæring og kunstig intelligens. Dette er metoder som kan avdekke mønster i store datasett, og bruke disse til å forutsi viktige egenskaper. Disse metodene har blitt testet i beregning av avlsverdier, men har hittil ikke fungert bedre enn de tradisjonelle metodene. Men, for beregning av genetisk hornstatus har vi funnet at maskinlæring gir økt sikkerhet.

Endring i avlsverdier og økt sikkerhet

Med dagens vektlegging av hornstatus i avlsmålet vil verdien av 1 kollet-allel være 2,55 avlsverdipoeng. To dyr som for øvrig vil være genetisk like, bortsett fra at den ene er horna (HH) og den andre er homozygot kollet (KK), vil skille 5,1 poeng i avlsverdi

Forbedringen tas i bruk i avlsverdiberegningen i løpet av neste uke (uke 34). Dette fører til at avlsverdien endres for en del ikke-genotypede dyr. For rundt 80% av disse vil endringen i avlsverdi være mindre enn pluss-minus 1 poeng, mens for resten av dyra vil endringene stort sett ligge mellom 1 og 2.5 poeng.

Endringen gir økt sikkerhet og derfor også økt avlsframgang for kollet-egenskapen, uten at vektleggingen i avlsmålet endres. Ved utlisting av mødre med kalver aktuelle for Geno, havner kollete dyr høyere opp på listen, og det blir dermed flere kollete kalver å selektere fra.  

Les mer om kollet-egenskapen og maskinlæring i Buskap 5-2021 

Avl for kollethet

Å øke frekvensen av kollete dyr har vært et mål i NRF-avlen siden 1990-talet. I starten var det viktigste tiltaket å kun kjøpe inn kollete sønner etter kollete okser. I 2012, da genotyping ble tatt i bruk ved innkjøp av oksekalver, ble det også laget test for genetisk hornstatus. Dermed kunne man skille mellom heterozygot kollete (KH) og homozygot kollete (KK) okser. I 2017 ble kollet inkludert i avlsmålet. I 2019 ble vektleggingen av egenskapen økt.

Allel

Et allel er en variant av et gen. For eksempel er det to genvarianter av genet som koder for hornet eller kollet. Ei ku kan derfor ha enten to genvarianter som koder for kollethet (KK), to genvarianter som koder for horn (HH) eller en genvariant av hvert slag (KH).