Gå til Tekst
Gå til Tekst
Utfordringer ved testing av fruktbarhetsdelesjonen

Utfordringer ved testing av fruktbarhetsdelesjonen

Noen produsenter har opplevd å få falskt positivt svar på status på fruktbarhetsdelesjon. Vi fraråder å slakte dyr på bakgrunn av at de kommer opp som bærere av delesjonen.

Dagens test for fruktbarhetsdelesjonen har klare svakheter og bør forbedres, men den er likevel et viktig verktøy. Vi anbefaler at du til kyr som er vurdert som bærere, kun bruker okser som er fri for delesjonen. På grunn av faren for falske positive dyr fraråder vi å slakte kvigekalver på grunn av diagnosen på fruktbarhetsdelesjonen.

Svært få bærere i siste årgang

Strategien er å redusere frekvensen av delesjonen. I de siste årgangene med eliteokser har det vært svært få delesjonsbærere. Ingen av embryokvigene har status som bærer så langt. Vi vil likevel selektere en bærer dersom kandidaten er betydelig bedre enn andre alternativer i den aktuelle halvsøskengruppa og profilen på delegenskapene er svært god.

 

En radikal seleksjonsstrategi der vi setter absolutt krav om at ingen selekterte dyr skal være bærere, vil føre til innavlsøkning på genomet rundt området for fruktbarhetsdelesjonen. Vi må derfor bruke noen generasjoner på reduksjonen.

 

Geno jobber nå med å forbedre kvaliteten på diagnostiseringen av fruktbarhetsdelesjonen. Vi kommer tilbake med mer informasjon når dette er ferdig.

Hvordan testes delesjonen nå?

Ved genotyping av dyr av forsøker vi også å avklare om dyret er bære av fruktbarhetsdelesjonen. Delesjonen er en nokså lang sekvens på 660.000 basepar. SNP-chipen som brukes til genotyping av NRF-dyr har 8 SNPer (genetiske markører) som ligger i det området. Ved genotyping av en delesjonsbærer vil disse 8 SNPene bare ha signal fra det kromosomet som ikke har delesjon og bærere vil derfor framstå som homozygote på alle 8 SNPene. Det er denne fullstendige homozygotien i området med fruktbarhetsdelesjonen som blir brukt i rutinetesten for om et dyr er bærer av fruktbarhetsdelesjonen.

Utfordringer ved testen

En del dyr er genomisk innavlet i området rundt fruktbarhetsdelesjonen og er derfor fullstendig homozygote. Slike dyr blir nå feilklassifisert som bærere (falske positive). Fra 2002 til i dag har falske positive dyr økt fra anslagsvis 2,5% til mellom 5 og 6% de siste året, og hovedgrunnen til økningen er at andelen faktiske bærere reduseres. Slike falske positive vil ofte være homozygote også på flankene av fruktbarhetsdelesjonen, og vi kommer derfor til å inkludere flankene som en del av testen fremover.

 

Da SNP-chipen som brukes til genotyping ble laget i 2014, ble posisjonene til SNPene bestemt ut fra det som var kjent om storfegenomet. Etter dette har kartet over storfegenomet blitt bedre og en del feil er rettet. Når vi oppdaterer SNP-posisjonen ut fra denne nye kunnskapen, ser vi at den ene av de 8 SNPene som blir brukt i testen ligger utenfor delesjonen. Dersom en delesjonsbærer er heterozygot for denne SNP-en så vil dette dyret feilaktig bli diagnostisert som fri (falsk negativ), omfanget av slike falske negativer anslås å være rundt 2% av genotypede dyr

 

Når det gjelder bærerstatus på seminokser, så blir de rutinemessig genotypet også på en chip med nærmere 800 SNPer og vi har dermed en langt mer presis test og sikrere bærerstatus for oksene.

 

Les mer om fruktbarhetsdelesjonen:

Buskap 8-2015

Buskap 7-2016

 

Du kan også lese mer om fruktbarhetsdelesjonen på denne siden


Til toppen