Gå til Tekst
Gå til Tekst
GS-prøver sendes nå oftere til genotyping

GS-prøver sendes nå oftere til genotyping

Høsten 2019 hadde vi en del utfordringer med forsinkede svar på GS-prøver. Det er nå gjort flere tiltak for å unngå forsinkelser.

Etter nyttår har det blitt sendt 1000-2000 GS-prøver hver andre uke fra Biobank til laboratoriet vi bruker i Skottland. Fra februar startet Biobank å sende GS-prøver hver uke for å minske svartiden ytterligere.

 

Når prøvene ankommer laben blir de først ekstrahert. Deretter blir så mange SNP-chiper som mulig fylt opp før prøvene går videre til analyse. Det går 96 prøver på én SNP-chip. Dette medfører at det alltid vil være noen prøver til slutt som ikke får fylt opp en hel 96-chip. Disse må vente til neste forsendelse.

 

Til nå har de resterende prøvene måtte vente på ny forsendelse i 14 dager før de blir prioritert først inn i kommende analyse. Prøvene som må vente vil alltid være de som er mottatt sist hos Biobank. Laben prioriterer prøvene som har ventet lengst hos Biobank først i analysen.

 

Du kan lese mer om genotyping og hva en SNP er her 

Forsendelse hver uke korter ned ventetiden

Fra og med midten av februar 2020 startet Biobank med å sende prøver hver uke istedenfor hver andre uke. På den måten må prøver som ikke fikk plass i analyse i første omgang kun vente 7 dager på ny leveranse slik at de kan bli sendt videre i prosessen. Dette korter ned svartiden med ei uke på de prøvene som må vente.

Skreddersydd SNP-chip for NRF

Etter nyttår skiftet vi leverandør av SNP-chip og gikk over til å benytte en skreddersydd chip for bruk på NRF. Vi har kommet godt i gang med den nye chipen og opplever at laben har gode rutiner. Svartiden har gått betydelig ned etter en del utfordringer vi opplevde i løpet av høsten. Det er beregnet at svartiden nå ligger mellom 4 til 8 uker. Svartid på 8 uker har tatt høyde for at prøven feiler i genotypingen og må genotypes på nytt, samt 2 uker med uforutsette hendelser (for eksempel feil i data eller avlsverdiberegning).

 

Om det skulle forekomme uforutsette hendelser som forsinkelser, feil i data osv., så har svartid på 8 uker tatt høyde for 2 uker med feilretting og ny avlsverdiberegning. Unntaket er om det ikke er mulig å få noe resultat fra DNA-prøven som er sendt og at det må sendes ut nytt prøveutstyr. I slike tilfeller må produsenten ta ut en ny prøve og sende inn til Biobank for et nytt forsøk. Ett ekstra sett med prøveutstyr er dekket i prisen produsenten betaler for genotypingen.

 

Les om genotyping av NRF-hunndyr her

Prøveutstyr til avlsemner sendes ut en-to ganger per uke

Prøveutstyr til avlsemner (seminokseemner og embryodonoremner) har tidligere blitt sendt ut fra Biobank med det samme kalven er meldt inn i Kukontrollen. For å spare litt penger på porto er det bestemt at det heller blir brukt en løsning som baserer seg på at det må være minst 200 konvolutter før de kan sendes. Det medfører at det kan ta noen ekstra dager fra kalven er meldt inn til utstyret blir sendt.

 

I perioder med mange kalver sendes det ut to ganger i uka, mens i roligere perioder sendes det ut én gang i uka.

 

Vi oppfordrer samtidig alle til å sende inn prøven så fort som mulig etter at prøveutstyret er mottatt. Spesielt gjelder dette de som har oksekalver som selges som livdyr.

Mangelfull informasjon i gårsdagens resultater

Sent i går kveld (04.03.20) ble Kukontrollen oppdatert med 1071 nye GS-resultater. Det ser dessverre ut som at status for BTA12 (fruktbarhetsdelesjonen) har falt ut. I tillegg er ikke bestillingsstatusen oppdatert. Dette er tatt tak i og vil bli rettet ved neste avlsverdiberegning. En ny avlsverdiberegning planlegges snarest da nye GS-resultater ble mottatt i dag. 


Til toppen