Gå til Tekst
Gå til Tekst
Forbedring av metode for avlsverdiberegning – Oppdatert

Forbedring av metode for avlsverdiberegning – Oppdatert

Metode for beregning av avlsverdier for NRF har nå fått et løft. Endringen gjør blant annet at genotypede dyr og dyr som ikke er genotypet kan sammenlignes i større grad. Selv om endringen medfører et lavere indeksnivå på eliteokser er det viktig å understreke at NRF-genetikken er like god som tidligere.

Geno tok i bruk genomisk seleksjon (GS) ved seleksjon av okser inn til Øyer i 2012/2013. Dette var en to-stegs GS-metodikk med noe begrenset antall genotyper. I februar 2016 tok vi i bruk en første versjon av ett-stegs (singel-step) GS-avlsverdier og endret hele avlsprogrammet for NRF fra avkomsgransking til seleksjon av eliteokser basert på GS-avlsverdien til unge okser.

 

Gevinsten var et mye høyere tempo på grunn av kortere generasjonsintervall. Sikkerhetene ble noe lavere enn ved avkomsgransking og lå for mange egenskaper mellom 0,5 og 0,7. Siden denne endringen har antall genotyper økt jevnt og sikkerheten har økt.

 

GS-avlsverdiene har gitt oss et godt grunnlag for seleksjon av unge dyr. Disse avlsverdiene har, som vi tidligere har omtalt, en utfordring ved at dyr systematisk blir bedre av å genotypes. Dette har ført til at unge genotypede dyr kommer på et mye høyere indeksnivå enn dyr som ikke er genotypet.

 

Vi har jobbet intensivt med å forbedre dette og lanserer nå en bedre metodikk for beregning. Indeksene er nå slik at genotypede dyr i gjennomsnitt har likt nivå med det de hadde før de ble genotypet og dermed er utfordringen beskrevet over løst. De nye indeksene har også 2-3 prosent høyere sikkerhet enn de gamle.

 

Endringen medfører også at det skal gjøres endringer i sædprisene.

Den nye metoden bygger på følgende forbedringer

1) Ny metode for sammenstilling av genotyper 

I 2015 byttet vi leverandør av analyseverktøy for analyse av markører i DNA til en som er tilpasset NRF. I tillegg har en del av de genetisk sett mest innflytelsesrike oksene blitt analysert med en metode som leser av flere markører i DNAet enn den vanlige metoden, for en grundigere kartlegging av disse (ca. 800 000 punkter mot normalt ca. 50 000 punkter.).

 

Sammenstilling av data fra ulik teknologi har ført til at genotypede dyr har blitt noe overvurdert i forhold til ikke-genotypede dyr. Utfordringene med sammenstilling av genotypedata fra ulike teknologier gjorde at vi i 2016 starta opp et samarbeidsprosjekt med et ledende forskningsmiljø ved Universitetet i Edinburgh med fokus på denne problemstillinga.

 

Det viktigste funnet fra prosjektet var at mye av problemet med overvurdering av genotypede vs. ikke-genotypede dyr er svært følsomt for hvordan genotypedataene blir sammenstilt. Vi har derfor kommet fram til ei løsning som gjør at genotypede og ikke-genotypede dyr blir rettferdig vurdert.

 

Den nye metoden gir et mer korrekt slektskap og en mer rettferdig sammenstilling av avlsverdier mellom genotypede og ikke-genotypede dyr. Dette gjør at både Geno og bonden kan foreta en bedre seleksjon i tillegg til at vi øker den genetiske framgangen. Med den nye metoden er den systematiske overvurderinga av genotypede dyr i forhold til ikke-genotypede dyr tilnærmet borte og sikkerheten på indeksene har økt med 2-3 prosent.

2) Genetiske grupper i single-step GS-metodikken 

Genetiske grupper er verdifullt for å plassere dyr med ufullstendig avstamming på rett genetisk nivå. Dette gjelder alle dyr beslekta med gårdsokser, importokser og ellers dyr som av andre årsaker har slektskapsmangler.

 

I en modell uten genetiske grupper får dyr med ukjente foreldre og uten egne fenotyper, en forventa avlsverdi på nivå med andre dyr uten foreldreinfo.

 

Hvis vi eksempelvis har ei ku født i 2010 med ukjente foreldre og uten fenotyper, vil denne kua ligge på et nivå som ligger tilbake på 70-tallet. Det har imidlertid vært stor avlsframgang siden den gang, og med genetiske grupper i modellen får kua i eksempelet et riktigere utgangspunkt for indeksen, som er på 2010 nivå, for så å bygge indeksen sin ut fra dette nivået ved hjelp av egne og slektningers fenotyper.

 

Genetiske grupper var en del av indeksberegningene før vi gikk over til GS. Programvaren vi bruker i GS-beregninger har ikke hatt ferdigprogrammerte tilpasninger til genetiske grupper og vi har nå laget en manuell løsning slik at dette nå blir en del av indeksberegningene.

3) Utnytte informasjon om innavl i indeksberegningene 

I den gamle metoden for å beregne slektskap definerte man dyrets slektskap med seg selv som 1. Dette er imidlertid ikke alltid korrekt, da man også må ta hensyn til dyrets innavlsgrad. Dette er nå endret. Dette har en marginal effekt på sikkerhet på avlsverdier, men det gjør at gammel metode og metoden vi nå benytter for beregning av slektskap harmoniserer, og beregning av avlsverdier går derfor raskere.

4) Overgang til kubase for skalering av indeksene

Fram til nå har indeksene blitt skalert med gjennomsnitt (0 for totalindeksen, 100 for delindekser) og spredning (på +/-12 indekspoeng) definert ved de tre siste årgangene med avkomsgranska okser.

 

Dette har tidligere vært om lag 350 okser, som dermed representerer god bredde i NRF-populasjonen. Med overgangen til GS går vi etter hvert «tomme» for testokser og en fortsettelse av denne måten å skalere på blir derfor svært ustabil.

 

Vi går derfor over til å skalere indeksene basert på gjennomsnitt i en definert kubase. Dette gjøres også i svært mange andre land. Vi har valgt å definere denne kubasen med kyr som er født i 2010, 2011, 2012, 2013 og 2014. Vi setter krav til at dyrene i kubasen skal ha melkopplysninger som inngår i avlsverdiberegningene. 

Hvordan skal de oppdaterte indeksene tolkes? 

Oppdateringen av avlsverdiene bygger, som beskrevet, på en rekke endringer.

 

Indeksene blir betydelig lavere enn før på grunn av overgangen til kubase og eliteoksene synker fra et indeksnivå rundt 40 til litt over 20.

 

Dette betyr ikke at NRF-genetikken vurderes som dårligere enn før men indeksnivået er tatt ned på grunn av overvurdering av unge GS-testede dyr og sterk økning i indeksnivået siste par årene.

 

Det er dermed krevende å sammenligne indeksene før og etter oppdateringen. Dette fører til en endret rangering av okser, og endringer i enkelte indekser. Kvaliteten på indeksene er derimot mye bedre.

 

For å illustrere hvor store endringene er, har vi beregnet sammenhengen mellom oppdatert og gammel avlsverdi for genotypede kyr født 2012-2017 (tabell 1).

 

tabell 1: Korrelasjon (sammenheng) mellom ny og gammel avlsverdi for genotypede kyr født 2012-2017

Egenskap Korrelasjon
Samla avlsverdi 0,87
Melk 0,89
Kjøtt 0,96
Fruktbarhet 0,92
Mastitt 0,93
Jurhelse 0,94
Andre sykdommer 0,91
Jur 0,96
Bein 0,96
Klauv 0,95

 

 


Til toppen